罗切斯特大学由董事会领导，Richard B. Handler为现任董事会主席。校长由董事会任命。现任校长为Sarah Mangelsdorf，其于2019年7月1日接任Richard Feldman。

罗切斯特大学历届校长

Martin Brewer Anderson1853-1888

David Jayne Hill1889-1896

Benjamin Rush Rhees1900-1935

Alan Valentine1935-1950

Cornelis de Kiewiet1951-1961

W. Allen Wallis1962-1975

Robert Sproull1975-1984

Dennis O‘Brien1984-1994

Thomas H. Jackson1994-2005

Joel Seligman2005-2018

Richard Feldman2018-2019（临时）

Sarah C. Mangelsdorf2019-